Voor meer begrip over het watersysteem en de gevolgen van ingrepen is modellering vaak noodzakelijk. Inzichten in het watersysteem vertalen zich vaak naar de noodzaak voorspellingen te doen over het gedrag van het systeem onder bepaalde omstandigheden. Bijvoorbeeld wanneer een overstromingsrisico dreigt of wat een duurzame grondwaterontrekking is, of waar knelpunten bestaan in het rioolnetwerk. Deze inzichten en predicties komen via modellering tot stand.
Modellering vormt een centraal thema in waterstudies waar oorzaak en gevolg op een onderbouwde manier moeten worden verbonden. Nectaerra heeft een grote ervaring in verschillende toepassingen van modellering en hanteert hiervoor een breed pakket aan software en eigen programmatuur.